受到突如其来的怪兽袭击，地球上的人类几乎灭亡。为了人类最后的希望，由7名女性组成的TEAM·U守护着地球上最后的孩子。与此同时，因为听到呼唤而从其它宇宙前来的赛罗奥特曼、戴拿奥特曼和高斯奥特曼成功与TEAM·U会合。而侵略地球的幕后元凶百特星人，亦把魔手伸向地球上仅存的孩子……

本作承接《奥特银河格斗2：巨大阴谋》，讲述奥特英雄们与阿布索留特人之间惊动银河的命运之战。同时新的奥特战士——雷古洛思奥特曼和阿布索留特人的战士——迪亚波罗亦将登场。

距离与维克特路基艾尔的决战已经过了一年，光（根岸拓哉饰）结束了一年的海外进修，回到了日本。此时，咲夜（小池里奈饰）和玛娜（最上もが饰）也一起加入了UPG，组成了新生UPG。然而，和平却没能一直持续下去，雫丘的上空突然出现了谜样的时空城，以及呼喊着“封印所有奥特曼”的超时空魔神艾塔鲁伽和女战士阿蕾娜（